W jelicie cienkim każdego człowieka naturalnie znajduje się pewna ilość bakterii, z czego przerost tej ilości jest stanem patologicznym, do którego może dojść w wyniku m.in. nabytych chorób, stosowanych leków czy nieodpowiedniej diety. Symptomy mogą z początku utrudniać jednoznaczną diagnozę z tego powodu, że mogą przypominać wiele innych schorzeń. 

SIBO objawiać się może bólami brzucha, zaparciami czy biegunką, niedoborami witamin rozpuszczalnych w tłuszczach itd. W przypadku SIBO konieczna jest diagnoza schorzenia oraz opracowanie diety unikającej składników będących pożywką dla bakterii.