W przypadku zaniku kosmków konieczna jest szybka diagnoza, jaka substancja wywołuje działanie autoimmunologiczne, które polega na destrukcyjnym działaniu przeciw własnym tkankom na skutek danego składnika, którym może być np. gluten. 

Uszkodzone jelito w wyniku stopniowego zaniku kosmków jelitowych nie jest w stanie przyswoić w odpowiedniej ilości składniki odżywcze z pożywienia, co w skutkach prowadzi do niedożywienia i podwyższonego ryzyka wystąpienia innych schorzeń. 

Objawy są zależne od przyczyny, a ich lista jest długa, jednakże w każdym przypadku natychmiastowo pomaga odpowiednio dobrana dieta eliminacyjna, która sama w sobie w wielu przypadkach może być wystarczająca w leczeniu ze względu na zdolność regeneracyjną kosmków jelitowych.